De gegevens voor PIRLS 2006 werden in elk land verzameld bij een representatieve steekproef van ongeveer 150 scholen. In elke school selecteerde men vervolgens één of meerdere klassen. In die klassen heeft men bij de leerlingen een toets begrijpend lezen afgenomen. Daarnaast moesten de leerlingen nog een vragenlijst invullen over hun ervaringen met leren lezen thuis en op school. Ook de ouders, de leerkrachten en de directeur van de geselecteerde scholen hebben een vragenlijst ontvangen.